Было построено первое здание Южного речного вокзала по проекту архитектора Романа Хигера. Оно находилось в Южной гавани — возле Даниловского моста. Здание стояло на возвышении и было практически полностью деревянным. Лишь некоторые элементы сделали кирпичными — из соображений пожарной безопасности.
Вокзал перенесли ниже по течению реки — к Нагатинскому затону — в связи с реконструкцией района. Деревянную постройку, служившую до этого вокзалом, разобрали, а вместо нее установили временный дебаркадер — специальную конструкцию для высадки и посадки пассажиров.
У Южного речного вокзала появилось постоянное здание. Архитектором нового сооружения был Юрий Коган, который выбрал для постройки концепцию позднего советского модернизма.
Здание Южного речного вокзала ветшало, а внутри были ярмарка детских игрушек и автомобильный рынок. Все эти годы набережная использовалась для речных перевозок без использования самого здания.
Началась масштабная реконструкция Южного речного вокзала с полным обновлением транспортной инфраструктуры.
Планируется завершение реконструкции, после которой Южный речной вокзал станет новой точкой притяжения и современным городским пространством. Здесь появятся смотровая площадка, зона отдыха, Музей Транспорта Москвы, магазины и рестораны.
Спрос на круизы упал, и речные вокзалы пришли в упадок. Южный тоже перестал работать по прямому назначению, хотя суда по-прежнему отправлялись с его пристаней.
Началось проектирование нового здания Южного речного вокзала выше по течению — на левом берегу Москвы-реки. Здание проектировали из железобетонных конструкций с большой площадью остекления.